Cependant, juste après les cérémonies, Thoutmôsis III fit marteler les cartouches et images de la Reine, leur substituant ceux de Thoutmôsis I et Thoutmôsis II, ou encore les siens. On assista donc à une tentative d’effacement du souvenir d’Hatchepsout sur les documents historiques. Dans le temple de Deir el-Bahari, les statues furent renversées, brisées ou défigurées avant d’être enterrées dans une fosse. Joyce Anne Tyldesley nous dit qu’à Karnak, on tenta même de murer les obélisques.
 
   Il faut toutefois préciser que contrairement à ce qui est souvent pensé, ce ne sont pas tous les cartouches, ou toutes les images que les ouvriers effacèrent, mais seulement ceux relatifs à Hatchepsout "Roi", pas ceux appartenant à la Régente, ou à la Reine. Si l’on suit la tradition Égyptienne, Thoutmôsis III laissa de ce fait à Hatchepsout la possibilité de revivre dans l’au-delà. Aujourd’hui encore se pose la question du pourquoi d’un tel acte de la part du Roi ?. Était-ce une question politique, était-ce pour se venger d’avoir été tenu à l’écart du pouvoir aussi longtemps ?. Mais, dans ce cas, pourquoi avoir attendu 22 ans ?. Surtout que le Roi étant chef des armées il lui aurait été facile de prendre le pouvoir par la force, hors tout au long de son règne rien ne laisse penser que la Reine eut une quelconque peur d’une action de son beau-fils.
 
   La question divise les égyptologues car en l’absence de document sur l’état d’esprit du Roi il est difficile d’imaginer ses motivations. De fait, on ne dispose d’aucune preuve à l’appui de la théorie consistant à penser que Thoutmôsis III haïssait Hatchepsout, ou éprouvait de l’animosité envers elle. Florence Maruéjol nous dit qu’il faut peut-être y voir une volonté politique de Thoutmôsis III de rétablir une succession à son profit. Dans ce cas Hatchepsout doit être perçue comme une usurpatrice. Une des raisons qui faisait jadis pencher les spécialistes en faveur de cette théorie est qu’on invoquait le triomphe du clergé d’Amon, partisan de la guerre, sur les fidèles de la Reine, ardents défenseurs de la paix. Or, selon Florence Maruéjol, cette situation n’a jamais existé que dans l’imagination des égyptologues, persuadés que la proscription avait commencé avec toute sa virulence dès la mort de la Reine.